La storia è ambientata nel 1939. Mr. Smith e Indiana Jones stanno cercando una statua nel Barnet College. Quando la trovano, Smith la rompe e trova al suo interno una piccola perla, poi tira fuori la pistola contro Indy e fugge con il manufatto. Indiana scopre che Smith è in realtà un ex agente del terzo reich, interessato a uno scavo misterioso in Islanda… Per quanto riguarda il gameplay, Indiana Jones e il destino di Atlantis è un’avventura piuttosto semplice “punta e clicca” e come altri titoli LucasArts condivide lo stesso tipo di grafica e lo stessa engine, SCUMM, creato originariamente per Maniac Mansion. Tuttavia ci sono alcune cose che distinguono questo gioco da altre avventure punta e clicca. In una delle primissime scene Indy affronta un buttafuori e il tono che userà durante questa conversazione determinerà lo stile di gioco in tutto il gioco. Esistono tre percorsi diversi: Wits, Fists e Team.